據日本媒體10月13日報道，10月13日上午日本政府召開內閣會議，正式決定全面停止從朝鮮的一切進口，并決定全面禁止朝鮮籍船只進入日本港口，全面禁止朝鮮籍人進入日本境內，以此作為對朝鮮進行地下核試驗的抗議措施。日本已于10月11日開始全面禁止朝鮮籍人進入日本境內。從10月14日開始，將全面停止從朝鮮的一切進口，全面禁止朝鮮籍船只進入日本港口。以上禁止措施的期限均為半年。

日本內閣的此次決定是根據日本的《特別船只入港禁止法》制定的。對于已經進入日本港口的朝鮮船只，日本海灣管理方將取消這些船只的海港使用許可，命令其于10月14日之前離開日本海港。據日本國土交通省的統計數字，截止到10月12日晚，進入日本海港的朝鮮船只共有22艘，分別停泊于北海道的小樽港口、京都府的舞鶴港口、鳥取縣的境港口、山口縣的下關港口。

目前日本從朝鮮的進口產品主要為海膽、石蟹、玄蛤等魚貝類水產品和松蘑等農產品。2005年日本從朝鮮進口產品的總金額達到了144億日元。今年日本從朝鮮進口產品的金額大幅下跌。因此，估計此次日本政府決定全面停止從朝鮮的一切進口對日本的影響不大。

日本農林水產大臣松崗利勝在內閣會議之后的記者見面會上表示，對于有人擔心朝鮮的水產品、農產品可能會經由第三國進口到日本，“日本將加強海關檢查，嚴格核查進口貨物的原產地。”日本財務省、經濟產業省、農林水產省、海關將通力合作，嚴禁朝鮮產品經由第三國進入日本境內。其中，農林水產省將通過DNA檢查等手段嚴格核查進口貨物的原產地。日本也將向中國等鄰國尋求幫助。

停止從朝鮮的一切進口之后，對于可能會受到影響的日本相關從業人員和行業，日本政府決定根據形勢需要，可能會給以低利貸款等金融政策支援。