日前，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院珠江水產(chǎn)研究所牟希東副研究員、胡隱昌研究員等研發(fā)的“Fish Nuclear Protein Coding Loci detection V1.0”獲國(guó)家版權(quán)局計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)登記證書(shū)，登記號(hào)：2016SR108545。

該系統(tǒng)軟件是以國(guó)家水產(chǎn)種質(zhì)資源平臺(tái)為依托，利用平臺(tái)的DNA資源和全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)資源挖掘開(kāi)發(fā)的一種魚(yú)類(lèi)通用型核編碼基因篩選軟件。核基因編碼基因標(biāo)記（Nuclear Protein Coding Loci，NPCL）遺傳不連鎖且保守，可以較好的解決線粒體基因的不完全物種分選和堿基位點(diǎn)的速率差異性等問(wèn)題。該軟件采用Python（2.7.x）編程語(yǔ)言開(kāi)發(fā)完成，可在Linux操作系統(tǒng)和高性能計(jì)算集群（HPC）上運(yùn)行，不僅在單臺(tái)計(jì)算機(jī)上安裝使用，而且可通過(guò)局域網(wǎng)絡(luò)和INTERNET進(jìn)行遠(yuǎn)程訪問(wèn)使用。該軟件基于同源基因比對(duì)分析模型，以核編碼基因特異性和物種通用性為指標(biāo)，在魚(yú)類(lèi)全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)NPCL分子標(biāo)記。通過(guò)深度挖掘魚(yú)類(lèi)編碼基因信息，對(duì)編碼基因序列進(jìn)行同源性分析，篩選出適用于NPCL分子標(biāo)記設(shè)計(jì)的功能基因序列，根據(jù)同源基因保守性分析評(píng)估體系，批量化設(shè)計(jì)NPCL分子標(biāo)記擴(kuò)增引物。通過(guò)以上研究開(kāi)發(fā)，可系統(tǒng)地檢測(cè)開(kāi)發(fā)魚(yú)類(lèi)NPCL分子標(biāo)記，希望能逐步建立魚(yú)類(lèi)通用型核編碼基因資源發(fā)掘和應(yīng)用研究技術(shù)平臺(tái)，并應(yīng)用于種質(zhì)評(píng)價(jià)與鑒定、系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)等領(lǐng)域。