大黃魚(Larimichthys crocea)和小黃魚(L. polyactis)是石首魚科黃魚屬僅有的兩個姊妹種，為西北太平洋特有漁業(yè)資源，曾與帶魚和烏賊一起被譽為我國著名四大海產(chǎn)，在我國海洋捕撈業(yè)中占有重要地位。大黃魚和小黃魚的自然分布海域不盡相同，大黃魚主要分布在東海和南海，而小黃魚則主要分布在渤黃海和東海，這對姊妹種在東海具有重疊分布區(qū)域；兩個物種的體型、產(chǎn)卵洄游路線和越冬場等種群生物學(xué)特征迥異，但彼此在東海北部的產(chǎn)卵時間、產(chǎn)卵場和育幼場卻有重疊。該團隊的早期研究證明，這兩個姊妹種在更新世冰川時期發(fā)生分離，其分離所為分別位于東海和南海的兩個避難所。冰川消退后，兩個物種都經(jīng)歷了快速擴張和部分接觸，并適應(yīng)了多樣化的環(huán)境條件，例如產(chǎn)卵溫度和鹽度（Wang, et al., 2013）。該團隊在重疊分布區(qū)域觀察到兩個物種的種群混合現(xiàn)象，提出了黃魚屬的種化可能遵循二次接觸的物種形成模型假說，為此，開展這對姊妹種在演化動力影響下的等位基因改變和分布模式研究，可望揭示小黃魚與大黃魚基因組的異質(zhì)性分化景觀及其進化機制。

這項研究采用三代PacBio和二代Illumina平臺完成小黃魚基因組測序，并利用遺傳連鎖圖譜將基因組組裝至染色體水平。基因組大小為653 Mb，蛋白編碼基因24,625個，基因組完整度達到97%以上（圖1）。高質(zhì)量染色體水平基因組圖譜的繪制為小黃魚的種群遺傳學(xué)研究以及基因組育種工作提供了重要的遺傳資源。

闡明基因組異質(zhì)性分化及其機制是進化生物學(xué)的重要研究命題。該團隊從物種分化的景觀基因組學(xué)角度，解析了小黃魚和大黃魚的演化機制。結(jié)果表明：兩個物種的分化是在二次接觸下發(fā)生的，差異漸滲和連鎖選擇可能參與了基因組的異質(zhì)性分化（圖2）；基因組島的重組率較低，種間遺傳多樣性和重組景觀都相對較好地保持，說明低重組區(qū)域的連鎖選擇在兩個物種祖先譜系的異質(zhì)性分化中發(fā)揮了關(guān)鍵作用；分化指數(shù)(F_st)與絕對序列分化(Dxy)正相關(guān)，并且在基因組島中Dxy升高，表明基因組的分化格局不只是由連鎖選擇造成的。此外，研究發(fā)現(xiàn)，高度分化區(qū)域中基因流受限，也可能重塑了基因組異質(zhì)性分化的格局（圖3）。

該項成果以“Linked selection, differential introgression and recombination rate variation promote heterogeneous divergence in a pair of yellow croakers”為題，于2022年9月15日發(fā)表在國際生態(tài)學(xué)權(quán)威期刊Molecular Ecology上（https://doi.org/10.1111/mec.16693）。論文作者：王樂、柳淑芳、楊揚、蒙子寧、莊志猛；其中，王樂和柳淑芳為共同第一作者，蒙子寧為通訊作者，他們分別來自新加坡淡馬錫生命科學(xué)研究院、中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所、中山大學(xué)等單位。此項工作得到青島海洋科學(xué)與技術(shù)試點國家實驗室專項經(jīng)費（2018SDKJ0501-2）和國家自然科學(xué)基金面上項目（31172411）的資助。

圖1. 小黃魚基因組特征

圖2. 小黃魚和大黃魚的種群結(jié)構(gòu)和種群動態(tài)歷史

圖3.小黃魚和大黃魚基因組異質(zhì)性分化分布圖